Postepy Hig Med Dosw. (online), 2013; 67: 442-448
Review
Full Text PDF  

Metody badania autofagii oparte na przemianach białek MAP1LC3 i p62/SQSTM1
Detection of autophagy based on conversions of MAP1LC3 and p62/SQSTM1
Edyta Wysokińska, Wojciech Kałas
Laboratorium Immunobiologii Molekularnej Nowotworów
Instytut Immunologii i Terapii Doświadczalnej im. Ludwika Hirszfelda PAN we Wrocławiu
Adres do korespondencji
dr hab. Wojciech Kałas, prof. PAN, Laboratorium Immunobiologii Molekularnej Nowotworów, Instytut Immunologii i Terapii Doświadczalnej im. Ludwika Hirszfelda PAN, ul. Rudolfa Weigla 12, 53-114 Wrocław; e-mail: kalas@iitd.pan.wroc.pl

Źródło finansowania
Praca powstała w ramach grantu 2011/01/B/NZ4/00938

Otrzymano:  2012.12.21
Zaakceptowano:  2013.03.04
Opublikowano:  2013.05.20

Streszczenie
Autofagia jest procesem katabolicznym o fundamentalnym znaczeniu dla przetrwania okre­sów niedoborów składników odżywczych i w recyklingu organelli komórkowych. W ostatnim czasie obserwuje się bardzo znaczący wzrost zainteresowania badaniem autofagii, a zaburzenia w jej przebiegu towarzyszą wielu chorobom. Niestety, warsztat jakim dysponujemy w badaniu autofagii pozostaje stosunkowo mało znany i ubogi. W pracy omówiono najczęściej stosowane metody badania autofagii. Oprócz mikroskopii elektronowej przedstawiono metody (fluore­scencyjne i Western blotting) oparte na obserwacji przemian białek MAP1LC3 i p62/SQSTM1 - należących do podstawowych markerów autofagii.
Słowa kluczowe: MAP1LC3 • LC3 • autofagia • metody fluorescencyjne • Western blotting • p62/SQSTM1


Summary
Autophagy is a cellular process fundamental for the survival of nutrient deficiency periods and for organelle turnover. Recently much attention has been focused on autophagy as its im­pairment has been found in many human diseases. Unfortunately, our apparatus for study of the autophagy process is still unsatisfactory and not very well known. In this paper we would like to shed light on and discuss autophagy methods. We present the methods (fluorescence and Western blotting) based on conversions of MAP1LC3 and p62/SQSTM1 proteins, which are the most common markers of the autophagy process.
Key words: MAP1LC3 • LC3 • autophagy • fluorescence methods • Western blotting • p62/SQSTM1




Wykaz skrótów:
3-MA - 3-metyloadenina (3-methyladenine), ATG12-ATG5-ATG16L - geny związane z autofagią 12,5,16L (autophagy-related genes), EGFP - wzmocnione zielone białko fluorescencyjne (enhan­ced green fluorescent protein), GFP - zielone białko fluorescencyjne (green fluorescent protein), MAP1LC3 - lekki łańcuch 3 białek związanych z mikrotubulami 1A/1B (microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3), mTOR - ssaczy cel rapamycyny, kinaza mTOR (mammalian target of rapamycin), PE - fosfatydyletanoloamina (phosphatidylethanolamine), RFP - czerwone białko fluorescencyjne (red fluorescent protein), SDS - siarczan dodecylu sodu (sodium dodecyl sulfa­te), SDS PAGE - elektroforeza w żelu poliakrylamidowym z dodatkiem siarczanu dodecylu sodu (sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis).
W ostatnim czasie obserwuje się bardzo znaczący wzrost zainteresowania badaniem autofagii. Zaburzenia procesu autofagii zaobserwowano w przebiegu chorób nowotwo­rowych, neurodegeneracjnych, a także w schorzeniach wieńcowo-naczyniowych i w zakażeniach drobnoustro­jami [6,32]. Niestety, warsztat jakim dysponujemy w ba­daniu autofagii pozostaje stosunkowo ubogi. W pracy chcemy przybliżyć i omówić stosowane metody badania autofagii oparte na przemianie jednego z podstawowych markerów autofagii - białka LC3 (MAP1LC3 - microtubu­le-associated proteins 1A/1B light chain 3).
Autofagia jest procesem katabolicznym o fundamental­nym znaczeniu dla przetrwania okresów niedoborów składników odżywczych i w recyklingu organelli komór­kowych [18]. Termin autofagia został wprowadzony w la­tach sześćdziesiątych ub.w. przez Christiana De Duve jako określenie trawienia części komórek w ich wnętrzu i po­chodzi od greckiego słowa φαγειν (jeść) i przedrostka αυτο- (sam, samo) i oznacza „samozjadanie"[12,15] .
Można wyróżnić trzy typy autofagii: makroautofagię, mikroautofagię i autofagię zależną od białek opiekuńczych [2,21]. W wielu pracach termin „autofagia" jest używany jako określenie makroautofagii, tak też będzie stosowany w naszej pracy.
Opis procesu autofagii ze szczególnym uwzględnieniem przemian białka lc3
Proces autofagii można podzielić na cztery etapy (ryc. 1):
• inicjację - podczas której z fragmentu membrany two­rzony jest omegasom,
• elongację - obejmuje tworzenie się fagoforu, jego po­większanie i zamknięcie wraz z zawartością - czyli kształ­towanie się autofagosomu,
• dojrzewanie autofagosomu - gdy następuje fuzja ze­wnętrznej błony autofagosomu z lizosomem i powstaje autolizosom,
• degradację autolizosomu - ostateczny etap autofagii, podczas którego zawartość autolizosomu jest degrado­wana przez enzymy lizosomalne i uwalniana do cytopla­zmy [17,30].
Ryc. 1. Schematyczny przebieg procesu autofagii z uwzględnieniem degradacji białek LC3-I/LC3-II, p62/SQSTM1 i inhibitorów przydatnych w badaniu autofagii

Procesy te regulują białka kodowane przez geny ATG (au­tophagy-related genes), które zostały dokładnie scharak­teryzowane u drożdży, a ich funkcje w dużym stopniu można odnieść do komórek eukariotycznych [2].
Indukcja autofagii jest złożonym procesem, w którym główną rolę odgrywa kompleks białka mTOR i jest ona szczegółowo opisana w literaturze [2,6,26]. Podczas inicjacji następuje formowanie się omegasomu z membran komór­kowych. Źródłem błony komórkowej służącej jako zaczątek omegasomu mogą być aparat Golgiego, retikulum endopla­zmatyczne, błona komórkowa lub mitochondrialna [15,25].
W czasie wydłużania fagoforu przyłącza się do niego biał­ko LC3, będące ssaczym homologiem białka Atg8 obecne­go w Saccharomyces cerevisiae [30]. Aby białko LC3 mogło się przyłączyć do fagoforu, musi ulec modyfikacji (ryc. 2). Polega to na odcięciu przez białko Atg4B C-końcowego fragmentu LC3 w taki sposób, że dochodzi do ekspozycji reszty glicyny i powstania tzw. postaci cytosolowej LC3­-I. W czasie przebiegu autofagii z udziałem Atg7 i Atg3 oraz kompleksu Atg12-Atg5-Atg16L zachodzi koniugacja LC3-I z fosfatydyloetanolaminą (PE) za pośrednictwem wyeksponowanej reszty glicyny. Powstała w ten sposób lipidowa postać LC3 - LC3-II [10] zdolna jest do połącze­nia się z wewnętrzną i zewnętrzną błoną fagoforu [9,14]. Dodatkowo, LC3-II znajdujące się na fagoforze jest zaan­gażowane w interakcję z białkiem p62/SQTM1 biorącym udział w załadunku autofagosomu. Białko p62/SQSTM1, poprzez domenę UBA (ubiquitin-associated domain) zlo­kalizowaną na C-końcu łączy się ze składnikami komór­ki przeznaczonymi do degradacji [4], umiejscowiając je, wraz z LC3-II, po wewnętrznej stronie fagoforu [8]. W wy­niku elongacji następuje zamknięcie fagoforu i powsta­je autofagosom - struktura, która podwójną membraną otacza składniki komórki przeznaczone do degradacji. Po zamknięciu się fagoforu kompleks Atg12-Atg5-Atg16L stopniowo oddziela się od autofagosomu i następuje fuzja autofagosomu z lizosomem. W jej wyniku powstaje autoli­zosom, którego zawartość wraz z LC3-II i p62/SQTM1 jest degradowana przez katepsyny i lipazy [30]. Produkty tra­wienia zawartych w autolizosomie składników komórki, w postaci najprostszych molekuł, takich jak aminokwasy, kwasy tłuszczowe, nukleotydy są uwalniane z powrotem do cytoplazmy i mogą zostać wykorzystane ponownie [10]. W rezultacie poziom LC3-II i p62/SQTM1 wewnątrz autolizosomu maleje po procesie autofagii (ryc. 2). Na­tomiast LC3-II znajdujące się na zewnątrz membrany zo­staje uwolnione przez Atg4B i ponownie przekształcone w postać LC3-I (ryc. 2).
Ryc. 2. Transformacje białka LC3, do których dochodzi w czasie przebiegu autofagii. PE: fosfatydyloetyloamina

Metody badania autofagii
Mikroskopia elektronowa
Pierwszą metodą obserwacji autofagii była transmisyjna mikroskopia elektronowa (TEM). Nadal pozostaje ona naj­bardziej niezawodną i czułą metodą obserwacji autofagii. Polega na wykrywaniu i identyfikacji otoczonych podwój­ną membraną autofagosomów, zawierających fragmenty nienaruszonych organelli i otoczonych pojedynczą błoną kwaśnych autolizosomów [1,20]. TEM umożliwia przede wszystkim jakościową analizę autofagii, jednak są po­dejmowane próby półilościowego badania autofagii za pomocą tej metody [1]. Podstawową zaletą mikroskopii elektronowej jest bezpośrednia obserwacja autofagoso­mów, natomiast niewątpliwą wadą jest trudność w roz­różnianiu autofagosomów i autolizosomów od innych podobnych struktur wewnątrzkomórkowych (np. mito­chondriów i lizosomów) [5,13] i wymaga dużego doświad­czenia. Inną przeszkodą w stosowaniu tej metody jest to, że mikroskop elektronowy nie należy do standardowego instrumentarium biologii molekularnej. Z tego względu dużą popularność zyskały metody oparte na molekular­nych markerach autofagii.
Przemiany LC3 badane metodą Western blotting
Przemiany i translokacje białka LC3 są podstawą większo­ści metod wykrywania autofagii. Wśród nich jedną z naj­bardziej znanych jest wykrywanie różnych postaci białka LC3 - LC3-I i LC3-II metodą Western blotting. W komór­kach ssaków występują trzy izoformy białka LC3 - LC3A, LC3B oraz LC3C. Ich dystrybucja jest różna w zależności od rodzaju tkanki [7]. W badaniu Western blotting oraz w metodach opartych o immunoflorescencję zaleca się używanie przeciwciała anty-LC3B [14]. W czasie przebiegu autofagii obecne w cytosolu LC3-I zostaje zmodyfikowane jak opisano to wyżej w postać lipidową LC3-II. W procedu­rze SDS-PAGE Western blotting LC3-II migruje szybciej niż LC3-I. W ten sposób w obrazie Western blotting uzysku­je się dwa oddzielne prążki LC3-II (16 kD) oraz LC3-I (18 kD) [22]. Wzrost ekspresji LC3-II można interpretować jako następstwo aktywacji procesu autofagii, natomiast poziom ekspresji LC3-II zazwyczaj odzwierciedla liczbę autofagosomów [9,23]. Należy jednak pamiętać, że wzrost ekspresji LC3-II nie jest trwały. Po utworzeniu autolizo­somów poziom LC3-II zmniejsza się na skutek degradacji LC3-II znajdującego się wewnątrz autolizosomów. Jego po­ziom obniża się także w wyniku rekonwersji przez białko Atg4B postaci LC3-II znajdującej się po zewnętrznej stro­nie autolizosomu w LC3-I [14]. W związku z tym, w oce­nie autofagii odpowiednie dobranie czasu traktowania LC3-II jest krytyczne dla właściwej interpretacji wyników Western blotting LC-II/LC3-I. Aby uniknąć tego proble­mu niektórzy autorzy zalecają stosowanie inhibitorów proteaz lizosomalnych [14,31]. Pozwala to na łatwiejszą obserwację akumulacji postaci LC3-II - wskazującej na powstawanie autolizosomów, gdyż nie dochodzi wtedy do jego degradacji wewnątrz autolizosomów.
Ponieważ często przedmiotem analizy jest relacja ilościo­wa LC3-II w LC3-I należy zwrócić uwagę na odpowiednie przygotowanie próbek. Częstym zaleceniem jest korzy­stanie z frakcji cytoplazmatycznej, a nie z lizatu całoko­mórkowego [14]. Lizaty muszą być podgrzane do tem­peratury 95-98°C w obecności 1% SDS w celu całkowitej i jednakowej solubilizacji obu postaci LC3, ponieważ np. 1% Triton X100 tylko częściowo rozpuszcza LC3-II [32]. Warto także zwrócić uwagę na wrażliwość LC3-I na wie­lokrotne zamrażanie i na degradację LC3-I pod wpływem SDS. Z tego względu nie zaleca się powtórnego zamraża­nia lizatów [14].
Przeprowadzając analizę ekspresji białka LC3 metodą Western blotting należy uwzględniać to, że linie komór­kowe mogą się różnić między sobą poziomem białka LC3­-II. W liniach nowotworowych HeLa, A431, MDA-MB-231 nawet w optymalnych warunkach hodowli stwierdza się obecność LC3-II [31].
W analizie wzajemnego stosunku ekspresji LC3-II/LC3­-I niebagatelnym źródłem błędów może być różna zdol­ność wiązania się przeciwciał anty-LC3 z jego lipidową postacią LC3-II i cytosolową LC3-I [22].
Stąd wniosek, że ze względu na wiele źródeł artefaktów, doświadczenia mające na celu analizę ekspresji LC3­-I i LC3-II metodą Western blotting należy bardzo do­kładnie planować i ostrożnie analizować.
Zmiany ekspresji p62/SQSTM1 jako marker przebiegu autofagii
Alternatywnym białkiem stosowanym do oceny prze­biegu autofagii metodą Western blotting jest białko p62/SQSTM1, które jest wielodomenowym białkiem adaptorowym o wielu funkcjach. Załadowane poliu­bikwitynowanymi białkami p62/SQSTM1 za pomocą domeny LRS/LIR (LC3 recognition sequence/LC3-inte­racting region) wiąże się z LC3-II i wraz z nim umiejsca­wia się po wewnętrznej stronie fagoforu [8,16,24]. Po zamknięciu się autofagosomu i jego fuzji z lizosomem p62/SQSTM1 znajdujące się wewnątrz autolizosomu jest degradowane wraz z innymi białkami [3]. W ten sposób obserwowany metodą Western blotting spa­dek ekspresji p62/SQSTM1 można przypisać aktyw­nemu procesowi autofagii [14]. Badając ekspresję p62/ SQSTM1 należy jednak pamiętać, że białko to ma wiele funkcji niezwiązanych z samą egzekucją procesu auto­fagii i jego ekspresja może ulegać zmianom pod wpły­wem stresu oksydacyjnego i reaktywnych form tle­nu [24]. Nie jest również pewne czy p62/SQSTM1 jest degradowane jedynie w procesie autofagii czy także przez system proteasomu [14]. Dlatego dobrą praktyką przy badaniu zmian ekspresji p62/SQSTM1 związanych z autofagią jest skorzystanie z inhibitorów autofagii zapobiegających degradacji białek w autolizosomie np. Bafilomycyny A1 (ryc. 1). Indukcja autofagii w obecno­ści Bafilomycyny A1 prowadzi wtedy do kumulacji p62/ SQSTM1, a różnicę ekspresji p62/SQSTM1 w komórkach nietraktowanych i traktowanych Bafilomycyną A1 moż­na przypisywać „natężeniu autofagii" (autophagy flux) [3]. W licznych badaniach wyniki uzyskane po zasto­sowaniu p62/SQSTM1 korelują z innymi parametra­mi świadczącymi o przebiegu autofagii, co potwierdza użyteczność tej metody w jej badaniu.
Przemiany LC3 badane metodami fluorescencyjnymi
Kolejną metodą analizy autofagii z pomocą białka LC3 jest mikroskopia fluorescencyjna. W swojej najprostszej wersji polega na jedno- lub dwustopniowym barwieniu prepa­ratów na obecność białka LC3. Analiza obrazu fluorescen­cyjnego opiera sie na określeniu wzrostu punktowego gromadzenia się znakowanego białka LC3, co odpowiada formowaniu się autofagosomu. Należy jednak pamiętać, iż LC3-II nie łączy się tylko z błoną autofagosomu, może także występować na fagoforze, a poziom jego ekspresji może wzrastać nawet wtedy, gdy nie prowadzi to do utwo­rzenia autofagosomu [14].
Bardziej zaawansowaną wersją tej metody jest zastoso­wanie białka fuzyjnego LC3 połączonego z białkiem flu­orescencyjnym GFP. Konstrukt taki pozwala na obserwa­cję powstawania autofagosomów, w podobny sposób jak w barwieniu przeciwciałem, uwidocznionych jako punk­ty gromadzenia się znakowanego białka LC3. Natomiast podczas łączenia się autofagosomu z lizosomem GFP jest degradowane, a sygnał pochodzący od niego wygaszany (ryc. 3). Jest to spowodowane małą stabilnością białka GFP w warunkach niskiego pH, jakie występuje w lizosomach (pH około 5,0) [11]. Zatem zastosowanie GFP ogranicza ba­danie procesu autofagii do czasu powstania autolizosomu. Problem ten częściowo można ominąć przez zastosowanie konstruktów białka LC3 z innymi białkami fluorescencyj­nymi, o większej stabilności w kwaśnym środowisku. Do takich białek należą, np. RFP (red fluorescence protein) lub mCherry [27]. Inną metodą poradzenia sobie z za­nikiem fluorescencji w autolizosomie jest zastosowanie inhibitorów autofagii lub inhibitorów proteaz lizosomal­nych (ryc. 1). Wtedy to, podobnie jak w przypadku We­stern blotting, będzie dochodziło do akumulacji LC3-II i autolizosomów.
Ryc. 3. Zasada działania białek fuzyjnych LC3-RFP-GFP oraz LC3-GFP jako markerów autofagii

Należy wspomnieć, że pewne trudności w analizie sprawia ustalenie wielkości agregatu LC3, który będzie świadczył o autofagii, a dodatkowym utrudnieniem jest zdolność GFP-LC3 i prawdopodobnie również i innych białek fuzyjnych, do łączenia się z ubikwitynowanymi agregatami białkowymi [4]. Jedną z przyczyn tego zja­wiska może być nadekspresja konstruktu po przejścio­wej transfekcji [11], a także stres komórkowy związany z samą transfekcją [29]. Dlatego często zalecanym spo­sobem uniknięcia tego artefaktu jest stosowanie stabil­nych transfektantów [14]. Pewnym sposobem uniknięcia problemów interpretacyjnych związanych z użyciem konstruktów LC3 z białkami fluorescencyjnymi jest użycie kontrolnego konstruktu ze zmutowanym biał­kiem LC3 (LC3ΔG), z którego została usunięta glicyna odpowiedzialna za lipidację. Pozwala to na obserwację nieswoistych oddziaływań konstruktów niezwiązanych z przebiegiem procesu autofagii [33].
Udoskonaloną metodą monitorowania autofagii opartą na przemianach i translokacjach białka LC3 jest zastosowanie białka fuzyjnego z dwoma białkami fluorescencyjnymi, o różnej barwie i różniących się stabilnością w zakwa­szonym środowisku. Wykorzystuje ona zjawisko małej stabilności GFP w kwaśnym środowisku autolizosomu. Dzięki temu możliwe jest monitorowanie powstawania fagoforu i autofagosomu, jego fuzji z lizosomem i póź­niejszego rozpadu białek.
Przykładem takiego tandemu jest mRFP-GFP-LC3. Po na­łożeniu na siebie obrazów zielonej i czerwonej fluorescen­cji obecność żółtych punktów pochodzących ze wspól­nego świecenia GFP i mRFP wskazuje na powstawanie autofagosomów. Następnie w czasie przebiegu autofagii pojawiają się czerwone punkty, które świadczą o obecno­ści autolizosomów, wewnątrz których fluorescencja GFP jest wygaszona na skutek niskiego pH. Natomiast przy trawieniu zawartości autolizosomu zanika również czer­wona fluorescencja (ryc. 3) [11].
Podobnie jak w przypadku użycia techniki Western blot­ting, aby uniknąć problemów z odpowiednim dobraniem czasu obserwacji możemy posłużyć się inhibitorami fu­zji autofagosomu z lizosomem lub inhibitorami proteaz lizosomalnych (ryc. 1). I tak, jeśli zablokujemy powsta­wanie autolizosomów np. przez użycie Bafilomycyny A1 będziemy obserwować tylko wzrost liczby żółtych punktów związanych z powstawaniem autofagosomów, natomiast powstawanie czerwonych punktów związanych z degradacją GFP zostanie zahamowane [11]. Na tej samej zasadzie działa również inne białko reporterowe, w któ­rym GFP zastąpiono zielonym białkiem mWasabi, a jego fluorescencja jest jeszcze bardziej wygaszana w kwaśnym środowisku [34].
Badania z użyciem białek fuzyjnych LC3 z białkami flu­orescencyjnymi można prowadzić również wykorzystując cytometrię przepływową. W przypadku konstruktu LC3­-GFP można obserwować spadek fluorescencji związany z wygaszaniem aktywności GFP podczas fuzji autofago­somu z lizosomem [19,28].
Podobnie jak w przypadku mikroskopii fluorescencyj­nej w cytometrii przepływowej również wykorzystywane są tandemy fluorescecnyjne złożone z białek o różnej wrażliwości na pH środowiska. Zasada ich działania oraz łączenia kilku białek fluorescencyjnych jest taka sama. Zaletą zastosowania cytometrii przepływowej jest moż­liwość ilościowej analizy obserwowanego zjawiska.
Biorąc pod uwagę brak uniwersalnego/idealnego białka, na którym można oprzeć wyniki warto potwierdzić je wykrywając jednocześnie inne białko, bądź wykorzystać dodatkową metodę badania autofagii.
PIŚMIENNICTWO
[1] Barth S., Glick D., Macleod K.F.: Autophagy: assays and artifacts. J. Pathol., 2010; 221: 117-124
[PubMed]  [Full Text HTML]  [Full Text PDF]  
[2] Benbrook D.M., Long A.: Integration of autophagy, proteasomal degradation, unfolded protein response and apoptosis. Exp. Oncol., 2012; 34: 286-297
[PubMed]  [Full Text HTML]  [Full Text PDF]  
[3] Bjorkoy G., Lamark T., Pankiv S., Overvatn A., Brech A., Johansen T.: Monitoring autophagic degradation of p62/SQSTM1. Methods Enzymol., 2009; 452: 181-197
[PubMed]  [Full Text HTML]  [Full Text PDF]  
[4] Clausen T.H., Lamark T., Isakson P., Finley K., Larsen K.B., Brech A., Overvatn A., Stenmark H., Bjorkoy G., Simonsen A., Johansen T.: p62/SQSTM1 and ALFY interact to facilitate the formation of p62 bodies/ALIS and their degradation by autophagy. Autophagy, 2010; 6: 330-344
[PubMed]  [Full Text PDF]  
[5] Eskelinen E.L.: To be or not to be? Examples of incorrect identification of autophagic compartments in conventional transmission electron microscopy of mammalian cells. Autophagy, 2008; 4: 257-260
[PubMed]  [Full Text PDF]  
[6] He C., Klionsky D.J.: Regulation mechanisms and signaling pathways of autophagy. Annu. Rev. Genet., 2009; 43: 67-93
[PubMed]  [Full Text HTML]  [Full Text PDF]  
[7] He H., Dang Y., Dai F., Guo Z., Wu J., She X., Pei Y., Chen Y., Ling W., Wu C., Zhao S., Liu J.O., Yu L.: Post-translational modifications of three members of the human MAP1LC3 family and detection of a novel type of modification for MAP1LC3B. J. Biol. Chem., 2003; 278: 29278-29287
[PubMed]  [Full Text HTML]  [Full Text PDF]  
[8] Ichimura Y., Komatsu M.: Selective degradation of p62 by autophagy. Semin. Immunopathol., 2010; 32: 431-436
[PubMed]  
[9] Kabeya Y., Mizushima N., Ueno T., Yamamoto A., Kirisako T., Noda T., Kominami E., Ohsumi Y., Yoshimori T.: LC3, a mammalian homologue of yeast Apg8p, is localized in autophagosome membranes after processing. EMBO J., 2000; 19: 5720-5728
[PubMed]  [Full Text HTML]  [Full Text PDF]  
[10] Kimmelman A.C.: The dynamic nature of autophagy in cancer. Genes Dev., 2011; 25: 1999-2010
[PubMed]  [Full Text HTML]  [Full Text PDF]  
[11] Kimura S., Noda T., Yoshimori T.: Dissection of the autophagosome maturation process by a novel reporter protein, tandem fluorescent-tagged LC3. Autophagy, 2007; 3: 452-460
[PubMed]  [Full Text PDF]  
[12] Klionsky D.J.: Autophagy revisited: a conversation with Christian de Duve. Autophagy, 2008; 4: 740-743
[PubMed]  [Full Text PDF]  
[13] Klionsky D.J., Abdalla F.C., Abeliovich H., Abraham R.T., Acevedo-Arozena A., Adeli K., Agholme L., Agnello M., Agostinis P., Aguirre-Ghiso J.A., Ahn H.J., Ait-Mohamed O., Ait-Si-Ali S., Akematsu T., Akira S., Al-Younes H.M., Al-Zeer M.A., Albert M.L., Albin R.L., Alegre-Abarrategui J., Aleo M.F., Alirezaei M., Almasan A., Almonte-Becerril M., Amano A., Amaravadi R., Amarnath S., Amer A.O., Andrieu-Abadie N., Anantharam V., Ann D.K., Anoopkumar-Dukie S., Aoki H., Apostolova N., Arancia G., Aris J.P., Asanuma K., Asare N.Y., Ashida H., Askanas V., Askew D.S., Auberger P., Baba M., Backues S.K., Baehrecke E.H., Bahr B.A., Bai X.Y., Bailly Y., Baiocchi R., Baldini G., Balduini W., Ballabio A., Bamber B.A., Bampton E.T., Bánhegyi G., Bartholomew C.R., Bassham D.C., Bast R.C. Jr., Batoko H., Bay B.H., Beau I., Béchet D.M., Begley T.J., Behl C., Behrends C., Bekri S., Bellaire B., Bendall L.J., Benetti L., Berliocchi L., Bernardi H., Bernassola F., Besteiro S., Bhatia-Kissova I., Bi X., Biard-Piechaczyk M., Blum J.S., Boise L.H., Bonaldo P., Boone D.L., Bornhauser B.C., Bortoluci K.R., Bossis I., Bost F., Bourquin J.P., Boya P., Boyer-Guittaut M., Bozhkov P.V., Brady N.R., Brancolini C., Brech A., Brenman J.E., Brennand A., Bresnick E.H., Brest P., Bridges D., Bristol M.L., Brookes P.S., Brown E.J., Brumell J.H., Brunetti-Pierri N., Brunk U.T., Bulman D.E., Bultman S.J., Bultynck G., Burbulla L.F., Bursch W., Butchar J.P., Buzgariu W., Bydlowski S.P., Cadwell K., Cahová M., Cai D., Cai J., Cai Q., Calabretta B., Calvo-Garrido J., Camougrand N., Campanella M., Campos-Salinas J., Candi E., Cao L., Caplan A.B., Carding S.R., Cardoso S.M., Carew J.S., Carlin C.R., Carmignac V., Carneiro L.A., Carra S., Caruso R.A., Casari G., Casas C., Castino R., Cebollero E., Cecconi F., Celli J., Chaachouay H., Chae H.J., Chai C.Y., Chan D.C., Chan E.Y., Chang R.C., Che C.M., Chen C.C., Chen G.C., Chen G.Q., Chen M., Chen Q., Chen S.S., Chen W., Chen X., Chen X., Chen X., Chen Y.G., Chen Y., Chen Y., Chen Y.J., Chen Z., Cheng A., Cheng C.H., Cheng Y., Cheong H., Cheong J.H., Cherry S., Chess-Williams R., Cheung Z.H., Chevet E., Chiang H.L., Chiarelli R., Chiba T., Chin L.S., Chiou S.H., Chisari F.V., Cho C.H., Cho D.H., Choi A.M., Choi D., Choi K.S., Choi M.E., Chouaib S., Choubey D., Choubey V., Chu C.T., Chuang T.H., Chueh S.H., Chun T., Chwae Y.J., Chye M.L., Ciarcia R., Ciriolo M.R., Clague M.J., Clark R.S., Clarke P.G., Clarke R., Codogno P., Coller H.A., Colombo M.I., Comincini S., Condello M., Condorelli F., Cookson M.R., Coombs G.H., Coppens I., Corbalan R., Cossart P., Costelli P., Costes S., Coto-Montes A., Couve E., Coxon F.P., Cregg J.M., Crespo J.L., Cronjé M.J., Cuervo A.M., Cullen J.J., Czaja M.J., D'Amelio M., Darfeuille-Michaud A., Davids L.M., Davies F.E., De Felici M., de Groot J.F., de Haan C.A., De Martino L., De Milito A., De Tata V., Debnath J., Degterev A., Dehay B., Delbridge L.M., Demarchi F., Deng Y.Z., Dengjel J., Dent P., Denton D., Deretic V., Desai S.D., Devenish R.J., Di Gioacchino M., Di Paolo G., Di Pietro C., Díaz-Araya G., Díaz-Laviada I., Diaz-Meco M.T., Diaz-Nido J., Dikic I., Dinesh-Kumar S.P., Ding W.X., Distelhorst C.W., Diwan A., Djavaheri-Mergny M., Dokudovskaya S., Dong Z., Dorsey FC., Dosenko V., Dowling J.J., Doxsey S., Dreux M., Drew ME., Duan Q., Duchosal M.A., Duff K., Dugail I., Durbeej M., Duszenko M., Edelstein C.L., Edinger A.L., Egea G., Eichinger L., Eissa N.T., Ekmekcioglu S., El-Deiry W.S., Elazar Z., Elgendy M., Ellerby L.M., Eng K.E., Engelbrecht A.M., Engelender S., Erenpreisa J., Escalante R., Esclatine A., Eskelinen E.L., Espert L., Espina V., Fan H., Fan J., Fan Q.W., Fan Z., Fang S., Fang Y., Fanto M., Fanzani A., Farkas T., Farré J.C., Faure M., Fechheimer M., Feng C.G., Feng J., Feng Q., Feng Y., Fésüs L., Feuer R., Figueiredo-Pereira M.E., Fimia G.M., Fingar D.C., Finkbeiner S., Finkel T., Finley K.D., Fiorito F., Fisher E.A., Fisher P.B., Flajolet M., Florez-McClure M.L., Florio S., Fon E.A., Fornai F., Fortunato F., Fotedar R., Fowler D.H., Fox H.S., Franco R., Frankel L.B., Fransen M., Fuentes J.M., Fueyo J., Fujii J., Fujisaki K., Fujita E., Fukuda M., Furukawa R.H., Gaestel M., Gailly P., Gajewska M., Galliot B., Galy V., Ganesh S., Ganetzky B., Ganley I.G., Gao F.B., Gao G.F., Gao J., Garcia L., Garcia-Manero G., Garcia-Marcos M., Garmyn M., Gartel A.L., Gatti E., Gautel M., Gawriluk T.R., Gegg M.E., Geng J., Germain M., Gestwicki J.E., Gewirtz D.A., Ghavami S., Ghosh P., Giammarioli A.M., Giatromanolaki A.N., Gibson S.B., Gilkerson R.W., Ginger M.L., Ginsberg H.N., Golab J., Goligorsky M.S., Golstein P., Gomez-Manzano C., Goncu E., Gongora C., Gonzalez C.D., Gonzalez R., González-Estévez C., González-Polo R.A., Gonzalez-Rey E., Gorbunov N.V., Gorski S., Goruppi S., Gottlieb R.A., Gozuacik D., Granato G.E., Grant G.D., Green K.N., Gregorc A., Gros F., Grose C., Grunt T.W., Gual P., Guan J.L., Guan K.L., Guichard S.M., Gukovskaya A.S., Gukovsky I., Gunst J., Gustafsson A.B., Halayko A.J., Hale A.N., Halonen S.K., Hamasaki M., Han F., Han T., Hancock M.K., Hansen M., Harada H., Harada M., Hardt S.E., Harper J.W., Harris A.L., Harris J., Harris S.D., Hashimoto M., Haspel J.A., Hayashi S., Hazelhurst L.A., He C., He Y.W., Hébert M.J., Heidenreich K.A., Helfrich M.H., Helgason G.V., Henske E.P., Herman B., Herman P.K., Hetz C., Hilfiker S., Hill J.A., Hocking L.J., Hofman P., Hofmann T.G., Höhfeld J., Holyoake T.L., Hong M.H., Hood D.A., Hotamisligil G.S., Houwerzijl E.J., Hoyer-Hansen M., Hu B., Hu C.A., Hu H.M., Hua Y., Huang C., Huang J., Huang S., Huang W.P., Huber T.B., Huh W.K., Hung T.H., Hupp T.R., Hur G.M., Hurley J.B., Hussain S.N., Hussey P.J., Hwang J.J., Hwang S., Ichihara A., Ilkhanizadeh S., Inoki K., Into T., Iovane V., Iovanna J.L., Ip N.Y., Isaka Y., Ishida H., Isidoro C., Isobe K., Iwasaki A., Izquierdo M., Izumi Y., Jaakkola P.M., Jäättelä M., Jackson G.R., Jackson W.T., Janji B., Jendrach M., Jeon J.H., Jeung E.B., Jiang H., Jiang H., Jiang J.X., Jiang M., Jiang Q., Jiang X., Jiang X., Jiménez A., Jin M., Jin S., Joe C.O., Johansen T., Johnson D.E., Johnson G.V., Jones N.L., Joseph B., Joseph S.K., Joubert A.M., Juhász G., Juillerat-Jeanneret L., Jung C.H., Jung Y.K., Kaarniranta K., Kaasik A., Kabuta T., Kadowaki M., Kagedal K., Kamada Y., Kaminskyy V.O., Kampinga H.H., Kanamori H., Kang C., Kang K.B., Kang K.I., Kang R., Kang Y.A., Kanki T., Kanneganti T.D., Kanno H., Kanthasamy A.G., Kanthasamy A., Karantza V., Kaushal G.P., Kaushik S., Kawazoe Y., Ke P.Y., Kehrl J.H., Kelekar A., Kerkhoff C., Kessel D.H., Khalil H., Kiel J.A., Kiger A.A., Kihara A., Kim D.R., Kim D.H., Kim D.H., Kim E.K., Kim H.R., Kim J.S., Kim J.H., Kim J.C., Kim J.K., Kim P.K., Kim S.W., Kim Y.S., Kim Y., Kimchi A., Kimmelman A.C., King J.S., Kinsella T.J., Kirkin V., Kirshenbaum L.A., Kitamoto K., Kitazato K., Klein L., Klimecki W.T., Klucken J., Knecht E., Ko B.C., Koch J.C., Koga H., Koh J.Y., Koh Y.H., Koike M., Komatsu M., Kominami E., Kong H.J., Kong W.J., Korolchuk V.I., Kotake Y., Koukourakis M.I., Kouri Flores J.B., Kovács A.L., Kraft C., Krainc D., Krämer H., Kretz-Remy C., Krichevsky A.M., Kroemer G., Krüger R., Krut O., Ktistakis N.T., Kuan C.Y., Kucharczyk R., Kumar A., Kumar R., Kumar S., Kundu M., Kung H.J., Kurz T., Kwon H.J., La Spada A.R., Lafont F., Lamark T., Landry J., Lane J.D., Lapaquette P., Laporte J.F., László L., Lavandero S., Lavoie J.N., Layfield R., Lazo P.A., Le W., Le Cam L., Ledbetter D.J., Lee A.J., Lee B.W., Lee G.M., Lee J., Lee J.H., Lee M., Lee M.S., Lee S.H., Leeuwenburgh C., Legembre P., Legouis R., Lehmann M., Lei H.Y., Lei Q.Y., Leib D.A., Leiro J., Lemasters J.J., Lemoine A., Lesniak M.S., Lev D., Levenson V.V., Levine B., Levy E., Li F., Li JL., Li L., Li S., Li W., Li X.J., Li Y.B., Li Y.P., Liang C., Liang Q., Liao Y.F., Liberski P.P., Lieberman A., Lim H.J., Lim K.L., Lim K., Lin C.F., Lin F.C., Lin J., Lin J.D., Lin K., Lin W.W., Lin W.C., Lin Y.L., Linden R., Lingor P., Lippincott-Schwartz J., Lisanti M.P., Liton P.B., Liu B., Liu C.F., Liu K., Liu L., Liu Q.A., Liu W., Liu Y.C., Liu Y., Lockshin R.A., Lok C.N., Lonial S., Loos B., Lopez-Berestein G., López-Otín C., Lossi L., Lotze M.T., Löw P., Lu B., Lu B., Lu B., Lu Z., Luciano F., Lukacs N.W., Lund A.H., Lynch-Day M.A., Ma Y., Macian F., MacKeigan J.P., Macleod K.F., Madeo F., Maiuri L., Maiuri M.C., Malagoli D., Malicdan M.C., Malorni W., Man N., Mandelkow E.M., Manon S., Manov I., Mao K., Mao X., Mao Z., Marambaud P., Marazziti D., Marcel Y.L., Marchbank K., Marchetti P., Marciniak S.J., Marcondes M., Mardi M., Marfe G., Marino G., Markaki M., Marten M.R., Martin S.J., Martinand-Mari C., Martinet W., Martinez-Vicente M., Masini M., Matarrese P., Matsuo S., Matteoni R., Mayer A., Mazure N.M., McConkey D.J., McConnell M.J., McDermott C., McDonald C., McInerney G.M., McKenna S.L., McLaughlin B., McLean P.J., McMaster C.R., McQuibban G.A., Meijer A.J., Meisler M.H., Meléndez A., Melia T.J., Melino G., Mena M.A., Menendez J.A., Menna-Barreto R.F., Menon M.B., Menzies F.M., Mercer C.A., Merighi A., Merry D.E., Meschini S., Meyer C.G., Meyer T.F., Miao C.Y., Miao J.Y., Michels P.A., Michiels C., Mijaljica D., Milojkovic A., Minucci S., Miracco C., Miranti C.K., Mitroulis I., Miyazawa K., Mizushima N., Mograbi B., Mohseni S., Molero X., Mollereau B., Mollinedo F., Momoi T., Monastyrska I., Monick M.M., Monteiro M.J., Moore M.N., Mora R., Moreau K., Moreira P.I., Moriyasu Y., Moscat J., Mostowy S., Mottram J.C., Motyl T., Moussa C.E., Müller S., Muller S., Münger K., Münz C., Murphy L.O., Murphy M.E., Musaro A., Mysorekar I., Nagata E., Nagata K., Nahimana A., Nair U., Nakagawa T., Nakahira K., Nakano H., Nakatogawa H., Nanjundan M., Naqvi N.I., Narendra D.P., Narita M., Navarro M., Nawrocki S.T., Nazarko T.Y., Nemchenko A., Netea M.G., Neufeld T.P., Ney P.A., Nezis I.P., Nguyen H.P., Nie D., Nishino I., Nislow C., Nixon R.A., Noda T., Noegel A.A., Nogalska A., Noguchi S., Notterpek L., Novak I., Nozaki T., Nukina N., Nürnberger T., Nyfeler B., Obara K., Oberley T.D., Oddo S., Ogawa M., Ohashi T., Okamoto K., Oleinick N.L., Oliver F.J., Olsen L.J., Olsson S., Opota O., Osborne T.F., Ostrander G.K., Otsu K., Ou J.H., Ouimet M., Overholtzer M., Ozpolat B., Paganetti P., Pagnini U., Pallet N., Palmer G.E., Palumbo C., Pan T., Panaretakis T., Pandey UB., Papackova Z., Papassideri I., Paris I., Park J., Park O.K., Parys J.B., Parzych K.R., Patschan S., Patterson C., Pattingre S., Pawelek J.M., Peng J., Perlmutter D.H., Perrotta I., Perry G., Pervaiz S., Peter M., Peters G.J., Petersen M., Petrovski G., Phang J.M., Piacentini M., Pierre P., Pierrefite-Carle V., Pierron G., Pinkas-Kramarski R., Piras A., Piri N., Platanias L.C., Pöggeler S., Poirot M., Poletti A., Poüs C., Pozuelo-Rubio M., Praetorius-Ibba M., Prasad A., Prescott M., Priault M., Produit-Zengaffinen N., Progulske-Fox A., Proikas-Cezanne T., Przedborski S., Przyklenk K., Puertollano R., Puyal J., Qian S.B., Qin L., Qin Z.H., Quaggin S.E., Raben N., Rabinowich H., Rabkin S.W., Rahman I., Rami A., Ramm G., Randall G., Randow F., Rao V.A., Rathmell J.C., Ravikumar B., Ray S.K., Reed B.H., Reed J.C., Reggiori F., Régnier-Vigouroux A., Reichert A.S., Reiners J.J. Jr., Reiter R.J., Ren J., Revuelta J.L., Rhodes C.J., Ritis K., Rizzo E., Robbins J., Roberge M., Roca H., Roccheri M.C., Rocchi S., Rodemann H.P., Rodríguez de Córdoba S., Rohrer B., Roninson I.B., Rosen K., Rost-Roszkowska M.M., Rouis M., Rouschop K.M., Rovetta F., Rubin B.P., Rubinsztein D.C., Ruckdeschel K., Rucker E.B. 3rd, Rudich A., Rudolf E., Ruiz-Opazo N., Russo R., Rusten T.E., Ryan K.M., Ryter S.W., Sabatini D.M., Sadoshima J., Saha T., Saitoh T., Sakagami H., Sakai Y., Salekdeh G.H., Salomoni P., Salvaterra P.M., Salvesen G., Salvioli R., Sanchez A.M., Sánchez-Alcázar J.A., Sánchez-Prieto R., Sandri M., Sankar U., Sansanwal P., Santambrogio L., Saran S., Sarkar S., Sarwal M., Sasakawa C., Sasnauskiene A., Sass M., Sato K., Sato M., Schapira A.H., Scharl M., Schätzl H.M., Scheper W., Schiaffino S., Schneider C., Schneider M.E., Schneider-Stock R., Schoenlein P.V., Schorderet D.F., Schüller C., Schwartz G.K., Scorrano L., Sealy L., Seglen P.O., Segura-Aguilar J., Seiliez I., Seleverstov O., Sell C., Seo J.B., Separovic D., Setaluri V., Setoguchi T., Settembre C., Shacka J.J., Shanmugam M., Shapiro I.M., Shaulian E., Shaw R.J., Shelhamer J.H., Shen H.M., Shen W.C., Sheng Z.H., Shi Y., Shibuya K., Shidoji Y., Shieh J.J., Shih C.M., Shimada Y., Shimizu S., Shintani T., Shirihai O.S., Shore G.C., Sibirny A.A., Sidhu S.B., Sikorska B., Silva-Zacarin E.C., Simmons A., Simon A.K., Simon H.U., Simone C., Simonsen A., Sinclair D.A., Singh R., Sinha D., Sinicrope F.A., Sirko A., Siu P.M., Sivridis E., Skop V., Skulachev V.P., Slack R.S., Smaili S.S., Smith D.R., Soengas M.S., Soldati T., Song X., Sood A.K., Soong T.W., Sotgia F., Spector S.A., Spies C.D., Springer W., Srinivasula S.M., Stefanis L., Steffan J.S., Stendel R., Stenmark H., Stephanou A., Stern S.T., Sternberg C., Stork B., Stralfors P., Subauste C.S., Sui X., Sulzer D., Sun J., Sun S.Y., Sun Z.J., Sung J.J., Suzuki K., Suzuki T., Swanson M.S., Swanton C., Sweeney S.T., Sy L.K., Szabadkai G., Tabas I., Taegtmeyer H., Tafani M., Takács-Vellai K., Takano Y., Takegawa K., Takemura G., Takeshita F., Talbot N.J., Tan K.S., Tanaka K., Tanaka K., Tang D., Tang D., Tanida I., Tannous B.A., Tavernarakis N., Taylor G.S., Taylor G.A., Taylor J.P., Terada L.S., Terman A., Tettamanti G., Thevissen K., Thompson C.B., Thorburn A., Thumm M., Tian F., Tian Y., Tocchini-Valentini G., Tolkovsky A.M., Tomino Y., Tönges L., Tooze S.A., Tournier C., Tower J., Towns R., Trajkovic V., Travassos L.H., Tsai T.F., Tschan M.P., Tsubata T., Tsung A., Turk B., Turner L.S., Tyagi S.C., Uchiyama Y., Ueno T., Umekawa M., Umemiya-Shirafuji R., Unni V.K., Vaccaro M.I., Valente E.M., Van den Berghe G., van der Klei I.J., van Doorn W., van Dyk L.F., van Egmond M., van Grunsven L.A., Vandenabeele P., Vandenberghe W.P., Vanhorebeek I., Vaquero E.C., Velasco G., Vellai T., Vicencio JM., Vierstra R.D., Vila M., Vindis C., Viola G., Viscomi M.T., Voitsekhovskaja O.V., von Haefen C., Votruba M., Wada K., Wade-Martins R., Walker C.L., Walsh C.M., Walter J., Wan X.B., Wang A., Wang C., Wang D., Wang F., Wang F., Wang G., Wang H., Wang H.G., Wang H.D., Wang J., Wang K., Wang M., Wang R.C., Wang X., Wang X., Wang Y.J., Wang Y., Wang Z., Wang Z.C., Wang Z., Wansink D.G., Ward D.M., Watada H., Waters S.L., Webster P., Wei L., Weihl C.C., Weiss W.A., Welford S.M., Wen L.P., Whitehouse C.A., Whitton J.L., Whitworth A.J., Wileman T., Wiley J.W., Wilkinson S., Willbold D., Williams R.L., Williamson P.R., Wouters B.G., Wu C., Wu D.C., Wu W.K., Wyttenbach A., Xavier R.J., Xi Z., Xia P., Xiao G., Xie Z., Xie Z., Xu D.Z., Xu J., Xu L., Xu X., Yamamoto A., Yamamoto A., Yamashina S., Yamashita M., Yan X., Yanagida M., Yang D.S., Yang E., Yang J.M., Yang S.Y., Yang W., Yang W.Y., Yang Z., Yao M.C., Yao T.P., Yeganeh B., Yen W.L., Yin J.J., Yin X.M., Yoo O.J., Yoon G., Yoon S.Y., Yorimitsu T., Yoshikawa Y., Yoshimori T., Yoshimoto K., You H.J., Youle R.J., Younes A., Yu L., Yu L., Yu S.W., Yu W.H., Yuan Z.M., Yue Z., Yun C.H., Yuzaki M., Zabirnyk O., Silva-Zacarin E., Zacks D., Zacksenhaus E., Zaffaroni N., Zakeri Z., Zeh H.J. 3rd, Zeitlin S.O., Zhang H., Zhang H.L., Zhang J., Zhang J.P., Zhang L., Zhang L., Zhang M.Y., Zhang X.D., Zhao M., Zhao Y.F., Zhao Y., Zhao Z.J., Zheng X., Zhivotovsky B., Zhong Q., Zhou C.Z., Zhu C., Zhu W.G., Zhu X.F., Zhu X., Zhu Y., Zoladek T., Zong W.X., Zorzano A., Zschocke J., Zuckerbraun B.: Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy. Autophagy, 2012; 8: 445-544
[PubMed]  [Full Text PDF]  
[14] Klionsky D.J., Abeliovich H., Agostinis P., Agrawal D.K., Aliev G., Askew D.S., Baba M., Baehrecke E.H., Bahr B.A., Ballabio A., Bamber B.A., Bassham D.C., Bergamini E., Bi X., Biard-Piechaczyk M., Blum J.S., Bredesen D.E., Brodsky J.L., Brumell J.H., Brunk U.T., Bursch W., Camougrand N., Cebollero E., Cecconi F., Chen Y., Chin L.S., Choi A., Chu C.T., Chung J., Clarke P.G., Clark R.S., Clarke S.G., Clavé C., Cleveland J.L., Codogno P., Colombo M.I., Coto-Montes A., Cregg J.M., Cuervo A.M., Debnath J., Demarchi F., Dennis P.B., Dennis P.A., Deretic V., Devenish R.J., Di Sano F., Dice J.F., Difiglia M., Dinesh-Kumar S., Distelhorst C.W., Djavaheri-Mergny M., Dorsey F.C., Dröge W., Dron M., Dunn W.A. Jr., Duszenko M., Eissa N.T., Elazar Z., Esclatine A., Eskelinen E.L., Fésüs L., Finley K.D., Fuentes JM., Fueyo J., Fujisaki K., Galliot B., Gao F.B., Gewirtz D.A., Gibson S.B., Gohla A., Goldberg A.L., Gonzalez R., González-Estévez C., Gorski S., Gottlieb R.A., Häussinger D., He Y.W., Heidenreich K., Hill J.A., Hoyer-Hansen M., Hu X., Huang W.P., Iwasaki A., Jäättelä M., Jackson W.T., Jiang X., Jin S., Johansen T., Jung J.U., Kadowaki M., Kang C., Kelekar A., Kessel D.H., Kiel J.A., Kim H.P., Kimchi A., Kinsella T.J., Kiselyov K., Kitamoto K., Knecht E., Komatsu M., Kominami E., Kondo S., Kovács A.L., Kroemer G., Kuan C.Y., Kumar R., Kundu M., Landry J., Laporte M., Le W., Lei H.Y., Lenardo M.J., Levine B., Lieberman A., Lim K.L., Lin F.C., Liou W., Liu L.F., Lopez-Berestein G., López-Otín C., Lu B., Macleod K.F., Malorni W., Martinet W., Matsuoka K., Mautner J., Meijer A.J., Meléndez A., Michels P., Miotto G., Mistiaen W.P., Mizushima N., Mograbi B., Monastyrska I., Moore M.N., Moreira P.I., Moriyasu Y., Motyl T., Münz C., Murphy L.O., Naqvi N.I., Neufeld T.P., Nishino I., Nixon R.A., Noda T., Nürnberg B., Ogawa M., Oleinick N.L., Olsen L.J., Ozpolat B., Paglin S., Palmer G.E., Papassideri I., Parkes M., Perlmutter D.H., Perry G., Piacentini M., Pinkas-Kramarski R., Prescott M., Proikas-Cezanne T., Raben N., Rami A., Reggiori F., Rohrer B., Rubinsztein D.C., Ryan K.M., Sadoshima J., Sakagami H., Sakai Y., Sandri M., Sasakawa C., Sass M., Schneider C., Seglen P.O., Seleverstov O., Settleman J., Shacka J.J., Shapiro I.M., Sibirny A., Silva-Zacarin E.C., Simon H.U., Simone C., Simonsen A., Smith M.A., Spanel-Borowski K., Srinivas V., Steeves M., Stenmark H., Stromhaug P.E., Subauste C.S., Sugimoto S., Sulzer D., Suzuki T., Swanson M.S., Tabas I., Takeshita F., Talbot N.J., Tallóczy Z., Tanaka K., Tanaka K., Tanida I., Taylor G.S., Taylor J.P., Terman A., Tettamanti G., Thompson C.B., Thumm M., Tolkovsky A.M., Tooze S.A., Truant R., Tumanovska L.V., Uchiyama Y., Ueno T., Uzcátegui N.L., van der Klei I., Vaquero E.C., Vellai T., Vogel M.W., Wang H.G., Webster P., Wiley J.W., Xi Z., Xiao G., Yahalom J., Yang J.M., Yap G., Yin X.M., Yoshimori T., Yu L., Yue Z., Yuzaki M., Zabirnyk O., Zheng X., Zhu X., Deter R.L.: Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy in higher eukaryotes. Autophagy, 2008; 4: 151-175
[PubMed]  [Full Text PDF]  
[15] Knaevelsrud H., Simonsen A.: Lipids in autophagy: constituents, signaling molecules and cargo with relevance to disease. Biochim. Biophys. Acta, 2012; 1821: 1133-1145
[PubMed]  [Full Text HTML]  [Full Text PDF]  
[16] Komatsu M., Kageyama S., Ichimura Y.: p62/SQSTM1/A170: physiology and pathology. Pharmacol. Res., 2012; 66: 457-462
[PubMed]  [Full Text HTML]  [Full Text PDF]  
[17] Kost A., Kasprowska D., Labuzek K., Wiaderkiewicz R., Gabryel B.: Autofagia w niedokrwieniu mózgu. Postępy Hig. Med. Dośw., 2011; 65: 524-533
[PubMed]  [Full Text HTML]  [Full Text PDF]  
[18] Kubli D.A., Gustafsson A.B.: Mitochondria and mitophagy: the yin and yang of cell death control. Circ. Res., 2012; 111: 1208-1221
[PubMed]  
[19] Lee J.S., Lee G.M.: Monitoring of autophagy in Chinese hamster ovary cells using flow cytometry. Methods, 2012; 56: 375-382
[PubMed]  [Full Text HTML]  [Full Text PDF]  
[20] Martinet W., Schrijvers D.M., Timmermans J.P., Bult H., De Meyer G.R.: Immunohistochemical analysis of macroautophagy: recommendations and limitations. Autophagy, 2013; 9: 386-402
[PubMed]  
[21] Mizushima N., Ohsumi Y., Yoshimori T.: Autophagosome formation in mammalian cells. Cell Struct. Funct., 2002; 27: 421-429
[PubMed]  [Full Text PDF]  
[22] Mizushima N., Yoshimori T.: How to interpret LC3 immunoblotting. Autophagy, 2007; 3: 542-545
[PubMed]  [Full Text PDF]  
[23] Mizushima N., Yoshimori T., Levine B.: Methods in mammalian autophagy research. Cell, 2010; 140: 313-326
[PubMed]  [Full Text HTML]  [Full Text PDF]  
[24] Moscat J., Diaz-Meco M.T.: p62: a versatile multitasker takes on cancer. Trends Biochem. Sci., 2012; 37: 230-236
[PubMed]  [Full Text HTML]  [Full Text PDF]  
[25] Orsi A., Polson H.E., Tooze S.A.: Membrane trafficking events that partake in autophagy. Curr. Opin. Cell Biol., 2010; 22: 150-156
[PubMed]  [Full Text HTML]  [Full Text PDF]  
[26] Polewska J.: Autofagia - mechanizm molekularny, apoptoza i nowotwory. Postępy Hig. Med. Dośw., 2012; 66: 921-936
[PubMed]  [Full Text HTML]  [Full Text PDF]  
[27] Shaner N.C., Steinbach P.A., Tsien R.Y.: A guide to choosing fluorescent proteins. Nat. Methods, 2005; 2: 905-909
[PubMed]  [Full Text HTML]  [Full Text PDF]  
[28] Shvets E., Fass E., Elazar Z.: Utilizing flow cytometry to monitor autophagy in living mammalian cells. Autophagy, 2008; 4: 621-628
[PubMed]  [Full Text PDF]  
[29] Szeto J., Kaniuk N.A., Canadien V., Nisman R., Mizushima N., Yoshimori T., Bazett-Jones D.P., Brumell J.H.: ALIS are stress-induced protein storage compartments for substrates of the proteasome and autophagy. Autophagy, 2006; 2: 189-199
[PubMed]  [Full Text PDF]  
[30] Tanida I.: Autophagosome formation and molecular mechanism of autophagy. Antioxid. Redox Signal., 2011; 14: 2201-2214
[PubMed]  
[31] Tanida I., Minematsu-Ikeguchi N., Ueno T., Kominami E.: Lysosomal turnover, but not a cellular level, of endogenous LC3 is a marker for autophagy. Autophagy, 2005; 1: 84-91
[PubMed]  [Full Text PDF]  
[32] Tanida I., Ueno T., Kominami E.: LC3 and autophagy. Methods Mol. Biol., 2008; 445: 77-88
[PubMed]  
[33] Tanida I., Yamaji T., Ueno T., Ishiura S., Kominami E., Hanada K.: Consideration about negative controls for LC3 and expression vectors for four colored fluorescent protein-LC3 negative controls. Autophagy, 2008; 4: 131-134
[PubMed]  [Full Text PDF]  
[34] Zhou C., Zhong W., Zhou J., Sheng F., Fang Z., Wei Y., Chen Y., Deng X., Xia B., Lin J.: Monitoring autophagic flux by an improved tandem fluorescent-tagged LC3 (mTagRFP-mWasabi-LC3) reveals that high-dose rapamycin impairs autophagic flux in cancer cells. Autophagy, 2012; 8: 1215-1226
[PubMed]  [Full Text HTML]  [Full Text PDF]  
Autorzy deklarują brak potencjalnych konfliktów interesów.