Opracowanie miniaturowej mikromacierzy DNA do identyfikacji 66 genów wirulencji Legionella pneumophila

Mariusz Żak 1, Piotr Zaborowski 2, Milena Baczewska-Rej 3, Aleksandra A. Zasada 3, Renata Matuszewska 4, Bożena Krogulska 4
1 - Department of Zoonoses and Tropical Diseases, Medical University of Warsaw, Żwirki i Wigury 61 Str., 02-091 Warsaw, Poland
2 - Department of Internal Diseases, Gastroenterology and Hepatology, University Hospital, University of Warmia and Mazury in Olsztyn, Oczapowskiego 2 Str., 10-719 Olsztyn, Poland
3 - Department of Bacteriology. National Institute of Public Health – National Institute of Hygiene. Chocimska 24 Str., 00-791 Warsaw, Poland
4 - Department of Communal Hygiene. National Institute of Public Health – National Institute of Hygiene, Chocimska 24 Str., 00-791 Warsaw, Poland
Postepy Hig Med Dosw
2011; 65 838-848
ICID: 971126
Article type: Original article
 
 
Wprowadzenie: Przez ostatnie pięć lat coraz więcej uwagi w Polsce zaczęto poświęcać problemowi infekcji wywoływanych przez bakterie Legionella sp. Ma to związek m.in. z pojawieniem się nowych regulacji prawnych, dotyczących jakości wody przeznaczonej do spożycia przez ludzi. Było to inspiracją do opracowania testu umożliwiającego oznaczenie wielu genów wirulencji Legionella pneumophila w celu lepszego zrozumienia ich dystrybucji w szczepach środowiskowych i klinicznych. Metoda może być nieocenioną pomocą w skuteczniejszym przewidywaniu ryzyka wywołania choroby przez dany szczep i stanowić nowe narzędzie podczas dochodzeń epidemiologicznych.
Materiał/Metody: Mikromacierz bazuje na systemie Array Tubes, zawiera trzy kontrole pozytywne i jedną negatywną. Geny docelowe kodują elementy strukturalne T4SS, białka efektorowe oraz geny wirulencji niezwiązane z systemem sekrecji. Sondy zaprojektowano używając programu OlogoWiz, mikromacierz analizowano z użyciem programu IconoClust. W celu izolacji szczepów klinicznych i środowiskowych zgromadzono próbki BAL i pobrano próbki wody z różnych, niezależnych instalacji ciepłej wody w budynkach użyteczności publicznej.
Wyniki: Zaprojektowano i wyprodukowano mikromacierz do identyfikacji 66 genów L. pneumophila biorących udział w patogenezie. Czułość mikromacierzy pozwala na analizę DNA wyizolowanego z pojedynczej kolonii L. pneumophila. Analizowano 7 szczepów środowiskowych, z których dwa różniły się wzorem hybrydyzacji od szczepu referencyjnego.
Dyskusja: Prezentowana metoda nie jest czasochłonna i kosztowna. Analiza szczepów środowiskowych wykazała możliwe różnice w obecności genów kodujących białka efektorowe. Dalsze analizy mogą pozwolić na identyfikację genów zwiększających ryzyko wywołania choroby oraz na ocenę zjadliwości szczepów.

DOI: 10.5604/17322693.971126
PMID 22204761 - kliknij tu by zobaczyć artykuł w bazie danych PubMed
  PEŁNY TEKST STATS

Poleć artykuł

Nazwisko i Imię:
E-mail:
From:
Język:


Artykuły powiązane in IndexCopernicus™
     DNA microarray [11 powiązanych rekordów]
     virulence factor [8 powiązanych rekordów]
     effector protein [1 powiązanych rekordów]
     Legionella pneumophila [23 powiązanych rekordów]
     legionellosis [10 powiązanych rekordów]
     mikromacierz DNA [0 powiązanych rekordów]
     czynnik wirulencji [0 powiązanych rekordów]
     białko efektorowe [0 powiązanych rekordów]